Mass Spectrum Viewer 説明書

1. ソフトウェア概要

Mass Spectrum Viewer は、テキスト形式で保存された質量分析データから、scan ごとの m/z 配列 と intensity 配列 を読み取り、 クロマトグラムおよびマススペクトルを視覚的に確認するためのアプリケーションです。

主な機能一覧

• TIC 表示
• XIC 表示（中心 m/z と許容幅指定）
• Scan種別切替 All / MS1 / PRM / MS2
• Polarity 切替 All / Positive / Negative
• 現在 scan のマススペクトル表示
• ピークラベル表示
• RT 軸および m/z 軸のドラッグ拡大
• 前駆体候補一覧の自動作成
• MS2 ターゲット候補一覧表の作成
• 現在 scan と候補表の CSV 保存

2. 起動と基本操作

起動手順

1. Mass Spectrum Viewer を起動します。
2. 画面左上の TXTを開く をクリックします。
3. 対象の mass spectrum TXT を選択します。

5. 各機能の詳細

5.1 Scan種別

5.2 Polarity

scan の id 文字列から positive / negative を自動判定し、表示や候補抽出に反映します。

5.3 TIC / XIC

5.4 m/z 表示範囲

5.5 相対閾値・表示形式

5.6 scan 移動

• < 前 / 次 > で前後 scan に移動できます。
• scan スライダーで連続的に移動できます。
• TIC / XIC 上をクリックすると、その RT に最も近い scan を選択できます。

5.7 拡大操作

6. 前駆体候補・MS2ターゲット候補

本ソフトウェアでは、MS2 / PRM scan の情報から前駆体 m/z 候補を自動抽出し、ターゲット候補表を作成できます。

6.1 前駆体候補の抽出

• 前駆体候補を抽出 を押すと候補抽出を実行します。
• 前駆体グループ tol は、近い precursor m/z を同一グループとみなすための許容幅です。
• フラグメント bin tol は、代表フラグメントをまとめる際の許容幅です。
• 代表フラグメント数 は、候補表へ表示する代表フラグメント数です。

6.2 前駆体 m/z 一覧

左側の一覧には、主に次の情報が表示されます。

• Type
• Polarity
• Precursor m/z
• MS2数
• RT開始 / RT終了
• 平均 Collision Energy
• 代表 scan
• 代表フラグメント

6.3 MS2 ターゲット候補一覧

右側の一覧には、解析候補として使いやすいように次の情報が表示されます。

• Rank
• Type
• Polarity
• Precursor m/z
• 推定 Apex RT
• Apex XIC
• MS2数
• フラグメント候補
• 備考

6.4 候補の活用

7. 保存機能

7.1 現在 scan の CSV 保存

現在scanをCSV保存 では、現在選択中 scan の内容を CSV として保存できます。

主な出力列は以下の通りです。

• scan_index
• scan_type
• polarity
• rt_min
• precursor_mz
• collision_energy
• mz
• intensity

7.2 候補表の CSV 保存

候補表をCSV保存 では、ターゲット候補一覧を CSV 形式で保存できます。

8. 仕様上の注意点

• scan 種別、Polarity、TIC / XIC の条件は、表示対象や候補抽出結果に影響します。
• XIC の挙動は、入力した中心 m/z と許容幅に依存します。
• 前駆体候補の抽出は、MS2 / PRM scan に含まれる precursor 情報を優先的に利用します。
• MS1 が存在する場合、同一 polarity の MS1 を用いて前駆体 m/z の XIC Apex を推定します。
• TXT の記述内容によっては、前駆体情報や collision energy が取得できない場合があります。