操作説明書

操作一覧

目的に合う操作の入口を確認し、詳しい手順は右欄の章番号へ進んでください。

初めて使う場合は第3章の読込から保存までを少数サンプルで試します。用語は第30章、表示や更新で困った場合は第29章を参照してください。

動作環境・起動・終了

配布フォルダ全体を保持して使用します。実行ファイルだけを移動しないでください。

起動とVersion確認

1. MCAT_v2.exeを起動します。
2. Help > Setting を開き、Serial / Passcode 付近のVersionが2.1.0.0であることを確認します。
3. 通常はUSBドングル等の認証状態を確認します。この版のライセンスなし利用期間は2026年9月30日までです。以降は有効な認証が必要です。

終了前に保存する

File > Save project (.mcatproj) で作業を保存してからメインウィンドウを閉じます。メインを閉じるとMCAT全体が終了します。Edit sheet等の枠の×はその画面だけを閉じる／非表示にする操作です。

最短操作：読込からSummary保存

初回は少数の既知サンプルで、値と範囲の対応を確認してから対象を増やします。

1. File > Open Data で測定ファイル／データフォルダを選びます。Sample枠へのドラッグ＆ドロップも使用できます。
2. Sampleで表示対象を選び、Compoundで化合物またはトランジションを選びます。複数サンプルはCtrl / Shiftで選択します。
3. Front Displayed Sampleを確認します。これはCompoundの値表示とSplit上段の対象サンプルです。
4. Area value と Intensity threshold を分析法に合わせます。LOCKと表示用RangeモードがOFFであることを確認します。
5. クロマトグラムを左ドラッグしてピーク範囲を指定します。重ね合わせ表示／Split下段では、選択サンプル全体へ適用されます。
6. 必要ならStyle > Splitにして、上段で各サンプルの範囲を個別に直します。判定色とStatus、定性比率の!を確認します。
7. 検量線を使う場合は標準サンプルをGroup=CCとし、Conc.を確認します。Edit > Calibration Curveで採用点と式を確認します。
8. Edit > Report Sheet を開きます。Value、Intercept、WLSなどを確認し、自動更新が完了したSummaryを確認します。
9. Report SheetのSaveで結果を保存します。再解析用にはFile > Save project (.mcatproj)も保存します。

Intensity threshold、検量線の濃度・重み付け、判定フローはサンプルに応じて確認します。本書の数値例を施設の検証済み条件の代わりに使用しないでください。

Dock・Tab・Floatとレイアウト

各画面はメイン内へ配置したり、独立したウィンドウへ切り離したりできます。

1. パネルのタイトルまたはタブをドラッグします。表示されるドッキングガイドへ移動して離すと、その位置へDockまたはTab配置できます。
2. 枠の▼からFloatを選ぶと独立表示になります。移動・リサイズ・別モニターへの移動ができます。Dockまたはドラッグでメインへ戻します。
3. Edit sheet / Report sheetは初回にFloat、Calibration CurveはChromatogramの右側に表示されます。保存済み配置があればそちらを復元します。

測定データを読み込む

ファイル型とフォルダ型を区別し、装置が作成した付随ファイルを一緒に保持します。

1. File > Open Data を開き、フォルダを移動して対象を選びます。Ctrl / Shiftで複数選択できます。
2. .dやフォルダ型.rawは、その測定フォルダ自体を選びます。内部の個別ファイルを選ばないでください。
3. Openを押し、読込完了とサンプル数、Compound数、警告を確認します。同じデータの重複読込はスキップされる場合があります。

Sample・濃度・装置情報

前面表示、統計用Group、検量線用CCは、それぞれ役割が異なります。

サンプル名からのCC自動入力

読込時、名前に「##数字」または「_数字ppb」があればCCへ変更して濃度を代入します。##数字を優先します。例：Standard_100ppb → CC、Conc.=100。矛盾する複数の濃度表記は自動採用しません。読込後に必ず確認し、必要なら修正します。

Q1・CE・Q3の自動代入

読込処理で取得できるQ1 / CE / Q3をCompoundへ代入します。名称にQ1=、CE=、Q3=が含まれる場合も空欄を補完します。これらの取得のために一度ExcelへExportし直す必要はありません。既存値は保持し、不明な値は推測しません。

Commentが空欄の場合は、取得した化合物名、または##より前の名称を補完します。名称に含まれる定量・定性の役割を確認してください。読込済みプロジェクトの編集値は自動補完で上書きしません。

Compoundの表示とサンプル移動

化合物ごとのグループ表示と、全トランジションを並べる表示を切り替えられます。

1. Compoundのタイトルバーにある青いひし形（◆）を押します。Dock / Floatのどちらでも表示方式を切り替えられます。
2. グループ表示では化合物名をクリックすると、属するトランジションをまとめて選択します。Ctrlを押しながらクリックすると追加／解除できます。
3. 左の展開矢印を開くと、個別トランジションの値とRole等の設定を確認できます。

化合物名の横の色付き四角

読込済み各サンプルの判定を表示します。クリックするとそのサンプルをFront Displayed Sampleへ設定し、既存の重ね合わせは維持します。未選択だったサンプルは表示対象へ追加します。ポインターを合わせるとサンプル名と警告詳細を確認できます。

グループ判定色の集約

RedがあればRed、次にYellowがあればYellowです。それらがなくGray以外がすべてGreenならGreen、すべてGrayならGray。それ以外は未判定です。黒い!は定性比率等の警告です。Frontの四角は白い内枠で示します。

定量・定性トランジションを設定する

CompoundのRoleはCommentの役割指定を編集します。単なる表示切替ではありません。

1. 化合物グループを展開し、各トランジションのQ1 / Q3とCommentを確認します。
2. Roleを選びます。同じ基本名を持つ系列としてSummaryへ統合されます。
3. Ratio (_qualbetween)を使う場合はMin % / Max %を入力します。0以上でMin≤Maxとします。

比率は「定性応答 ÷ 非負の定量系列応答の合計 ×100」です。ReportのValue（Area / Height）に従います。範囲外は!や警告色で示し、比率外だけを理由に元の積分値・定量応答を0にはしません。

Commentの基本名が系列の識別に使われます。Summaryでは、同じ基本名を持つトランジションを行の位置にかかわらず統合します。別の化合物に同じ名称を付けると誤った集計になるため、基本名・Q1/Q3・Roleと統合後の応答値を確認してください。

Chromatogramの表示操作

表示用Rangeと定量範囲は別の操作です。編集前に現在のモードを確認します。

表示範囲を指定する

1. Show chromatogram rangeのRangeを押します。選択中はCancel表示になります。
2. クロマトグラム上を左ドラッグしてX区間とY上限を指定します。Y下限は0です。指定後は通常モードへ戻ります。
3. このモードで短いクリック／ダブルクリックすると、X 0-0 / Y 0の自動表示へ戻ります。Splitでは下段で操作します。

Split：上下で定量対象を分ける

下段で共通範囲を決め、上段でサンプルごとに修正できます。

1. 比較するSampleとCompoundを選び、Style > Splitを選択します。直前の背景色・平滑化Styleを引き継ぎます。
2. 下段で左ドラッグすると、選択中の全Sample・全トランジションへ指定範囲を適用します。
3. Front Displayed SampleまたはCompoundの四角でサンプルを切り替えます。
4. 上段の中で左ボタンを押し、範囲をドラッグし、上段の中で離します。前面サンプルに属する選択トランジションだけを定量します。
5. 次のサンプルへ移り、必要な箇所だけを修正します。上下間の境界をドラッグして高さ配分を変えられます。

LOCKがON、またはRangeモード中は上段から範囲編集できません。ドラッグを下段まで越えて離すと上段編集は確定しません。一段表示へ戻すにはSplit以外のStyleを選びます。

ピーク範囲・面積・threshold

Area valueとIntensity thresholdを確認してから範囲を指定します。

1. Sample / CompoundとArea value / Intensity thresholdを選び、通常モードで左ドラッグします。
2. 塗りつぶし、基線、Start / End、RT、Height、Area、判定を確認します。複数ピークを許可した場合は番号ごとに確認します。
3. 短い左クリックで範囲を消します。Split上段はFrontのみ、通常／下段は全選択Sample・Transitionへ適用します。ピーク数上限で操作できない場合はEdit Sheetで修正、または対象を確認してShift+Qで最後の範囲を削除します。

閾値判定はサンプルごとに行います。Intensity threshold未満でピークが採用されない場合はGrayになります。条件の選択変更だけで全既存ピークが再計算されたと考えず、範囲の再指定またはEdit SheetのReflect後に確認してください。

読込時に面積方式の変換警告が表示された場合は、変換後のArea value、基線、積分範囲を確認します。above zeroとして読み込まれた値をそのまま採用せず、分析法に合う方式を選び、再計算後のAreaとReportを確認してください。

判定色・Status・定性警告を読む

色は現在の判定フローに対する状態です。Greenでも分析法としての妥当性を保証するものではありません。

S/Nの算出不能と、背景変動0は別

S/Nは選択範囲のピーク信号と、範囲外の背景変動を比較します。背景点が存在し、変動が0で正のピーク信号がある場合は、非常に高いS/Nとして扱います。一方、背景点そのものがない場合は算出不可です。

Statusはプログラムの判断理由

Statusは判定理由をプログラムが記入する読取専用の欄です。Redとなった条件などを確認し、必要に応じてピーク範囲や分析条件を見直します。ユーザーのメモや確認記録はComment2等へ記入し、判定理由と区別して保存してください。

Peak Judgement Flowを設計する

Help > Setting > Flowchart > Peak Judgement Flow… を開きます。

1. Add Condition / Add Resultでノードを追加し、Metric、Comparison、Threshold、Yes / Next、No、N/A、Resultを編集します。
2. 80%高さ幅は『基線補正した80%高さでのピーク幅 ÷ 指定積分範囲幅 ×100』です。半値幅ではありません。既定の90%はThresholdで変更できます。
3. Validateで接続を確認し、必要に応じてTrace flowで分岐を確認します。Auto Layoutで整列できます。
4. Save & Applyで保存・適用します。既存ピークの判定色とStatusを更新します。処理中はStopで中止できます。

Alignmentと表示Offset

保持時間補正と、比較のための表示ずらしを区別します。

1. 比較するサンプルと化合物を選び、有効なピーク範囲を設定します。
2. Front Displayed Sampleと対象ピークを確認してAlignmentを実行します。
3. 補正されたΔRT shiftと各サンプルの頂点位置、範囲、Areaを確認します。閾値以下のピークは適用対象にならない場合があります。
4. Edit / Reportの同期完了を確認し、必要な結果を保存します。

キー操作

通常／Split下段またはCompoundにフォーカスがある場合、AでAlignment、Zで解除できます。Split上段だけに適用するキーではありません。入力欄の編集と取り違えないよう、ボタン操作から確認してください。

Edit Sheetで条件を編集する

Edit > Edit Sheet。主にSample × Compoundの範囲と条件を表で編集します。

1. 目的のタブを選び、対象セルを編集します。サンプル名と化合物の対応を確認してください。
2. Reflectを押して解析データへ反映します。範囲・条件を変えた場合は結果と判定を確認します。
3. File > Save project (.mcatproj)で作業を保存します。Excel形式の解析情報が必要なら、対象Sampleを選んでFile > Export file (.xlsx)を使います。

クロマトグラムからの同期

マウス定量、色変更、Alignment等の変更は開いているEdit Sheetへ同期します。編集中のセルへの同期は編集完了まで待機します。自動更新で別タブへ切り替えたり、表示位置を左上へ戻したりしないように保持します。

Report Sheet・Summaryの自動同期

Edit > Report Sheet。表示中のシート位置を保ち、解析結果を自動反映します。

1. ValueでAreaまたはHeightを選びます。SummaryとStatsに使う応答値の基準になります。
2. 検量線を使う場合はIntercept（On / Off）とWLS（None / 1/x / 1/x^2）を確認します。
3. 初回表示、サンプル構成の変更、クロマトグラム編集後はSummary / Calibrationの自動更新完了を待ちます。Summary / Calibrationボタンでも更新を要求できます。
4. Summaryの化合物名、MRM(quan) / MRM(qual)、応答値と警告を確認し、Saveで保存します。MRM表記はQ1 > Q3で、複数はカンマ区切りです。

自動更新されるシートの手入力値は、次回更新で置き換わる場合があります。元の定量条件はEdit SheetまたはChromatogramで修正してください。

Calibration Curveを確認・調整する

選択している化合物の検量線を表示します。標準点と確認用マーカーは区別します。

1. 標準サンプルをGroup=CCとし、Conc.と各ピークの応答を確認します。
2. 対象のCompoundを選び、Edit > Calibration Curveを開きます。ReportのCurveからも開けます。
3. OriginalとNew、標準点のUse / Excluded状態を確認します。点やUse設定で採否を変更し、必要な調整を行います。
4. Applyで採用点を検量線へ反映します。適用には少なくとも2点の利用可能な標準点が必要です。
5. Calibrationの式・計算結果を確認し、Reportを保存します。

表示項目の設定

Help > Setting > Show > Calibration curveで、Selected compound in selected Samples (× and dotted guides)、Original curve and equation、Original R²、New curve and equation、New R²を選び、OKで保存します。

XIC sheetで抽出条件を用意する

Help > Setting > Main > Scan XICでExtract XIC chromatogramsを有効にし、条件CSVを指定します。Openで編集、Newで雛形を作成します。

1. 対象名、極性、m/z、必要な時間範囲を入力します。分子式から補完する場合はPrecursor_ionも選びます。
2. Fillを押し、補完されたMz / ExactmassやPolarityを確認します。既存値を変えたい場合は対象セルを確認してから編集します。
3. SaveでCSVへ保存し、Settingでそのファイルが選ばれていることを確認してOKを押します。
4. 測定データを読み込み、抽出本数・RT・波形を既知データと照合します。

SMILESがある行ではStructureで構造式を確認し、Copyでコピーできます。CSVのDa列など、使用する列は読込形式によって異なります。全装置で同じ条件が作用すると考えず、変更後は再読込して抽出結果を確認してください。

Setting：Main・Showの設定

Help > Settingを開きます。一般設定はOKで保存、Cancelで破棄します。

StatsタブにはAI / Metaと統計解析関連の設定があります。学習・Pickは次章以降、統計の前処理は統計解析の章を参照してください。

AI Train・Meta Train

正しく選択したピーク範囲を教師にします。学習と定量結果の保存は別の操作です。

AI Trainの手順

1. 代表サンプルの範囲、Area value、thresholdを目視確認します。
2. Ischecked等で学習対象を選びます。範囲ありは正例、範囲なしは負例。各化合物に正例が必要で、10点未満の波形は除外されます。
3. Help > Setting > Stats > AI training / pickでAI TrainとONNX folder・学習条件を確認し、OKを押します。
4. Edit SheetでAI Trainを実行し、作成モデルを別サンプルのAI Pickで検証します。Meta Trainはこの教師選択とは別で、読込済みデータの設定情報を保存します。

Models saved / Rejected by loss / Skippedと保存先を確認します。完了しても全化合物のモデルが保存されたとは限りません。Epochs、Validation ratio、Reject if loss >等の条件はSetting > Stats > AI training / pickで確認します。

CPU / GPUの扱い

学習は利用可能なGPUを試し、使えない場合やGPU処理に失敗した場合はCPUへ切り替えます。通常の画面操作でCPU/GPUを手動選択する項目はありません。CPUでは時間が長くなる場合があります。

AI Pick・Meta Pick・AutoPick

ピークを自動選択しても、採用範囲・判定色・Statusの確認は省略しません。

1. Help > Setting > StatsでAI Pick / Meta Pickを有効にします。両方を有効にする設定もあります。
2. 対象データ、モデルの化合物名・測定条件、現在のIntensity thresholdを確認します。
3. Edit SheetのPick操作を実行します。AI Pickは画面で選択した少数サンプルだけとは限らず、読込済みデータ全体を対象にします。不要なサンプルを含めない状態で実行してください。
4. 候補範囲が閾値未満なら採用されずGrayとなることがあります。範囲・ピーク形状・定性情報を確認します。
5. Edit / Reportの同期完了後、プロジェクトと結果を保存します。

AutoPickの条件

Auto pickの有効化とFrom / To / WidthはSettingで指定します。Edit SheetのAutoPickはAI Pick / Meta Pickとは別の操作です。表示された範囲・幅を確認して実行してください。AI Pick中はCancel Pickで中止でき、既存解析データを保持します。

AI InspectorとP10 / P99

Edit Sheetで対象セルを選び、AI Inspectorを押します。Inspector内のSample / Compoundでも対象を変更できます。

Pはパーセンタイル（百分位数）

強度を小さい順に並べたとき、P10は低い方から10%の位置の値、P99は99%の位置の値です。P10を背景の目安として引き、負の値を0へ補正してから、補正後のP99で割ります。

Candidatesで候補範囲・Prob.・S/N・Reason、Metadataでモデル情報を確認します。Refreshは再推論、Fitは全体表示、Copy dataは診断情報のコピーです。ピークを適用する画面ではありません。

Demonstrationを実行する

Demonstrationは、手動読込済みデータを一回解析し、Summaryを保存するモードです。

1. File > Open Dataで対象データを手動読込します。Result / QuantResultsは比較用で、正解の自動取込元ではありません。
2. CC濃度、Role、定量条件と対象データを確認します。開始すると読込済み全サンプルを選択します。
3. Help > Setting > MainでEnable Demonstrationを有効にします。Flowchart > Demonstration Flow…で手順とMethodを確認しSave & Applyします。
4. Help > Demonstration > Start...からSummaryの.xlsx保存先を指定し、確認して開始します。
5. 化合物ごとの進行を確認します。最後にSummaryを更新し、Summaryを表示したReportワークブックを保存して終了します。

Demonstration FlowとMethod

Peak Judgementの色分けとは別に、解析を行う手順と探索条件を設計します。

二つのフローを使い分ける

1. Demonstration Flow…を開き、Steps and branchesとCompound method rulesを確認します。
2. Add Condition / Add Action / Add Endで接続を編集。標準はモデルありならAiPick、なし／未選択ならConsensusAutoPickを使い、判定・Waitへ進みます。
3. Search from / to、Integration width、Consensus tolerance、Wait (ms)を設定します。MethodのExpected RT／search ±は探索範囲であり、確定済み積分境界ではありません。
4. Analysis sample namesは解析対象、RT reference samplesは共通RT推定に使う試料です。名前は完全一致（大文字小文字を除く）、複数はセミコロン区切り。部分一致やワイルドカードは使えません。
5. Require matching method rulesがONならルール不足や参照試料の未読込で停止します。Validateを実行し、Save & Applyして少数の代表データで確認してください。

接続線は曲線です。重なればノード移動／Auto Layoutで整えます。Import… / Export…だけでは実行設定は変わらず、Save & Applyが必要です。実行中は開始時のフローを使います。参照試料の面積や濃度を測定結果へコピーする機能ではありません。

Stats：解析前の確認

StatsはSummaryの応答値を使用します。検量線で求めた濃度を自動で統計入力にする機能ではありません。

1. SampleにG1-G9の適切なGroupを設定します。Help > Setting > StatsでEnable PCA、Preprocess、ND、Scores、Group等を確認してOKを押します。
2. Report SheetでValueとSummaryを確認します。更新を止めている場合はResumeし、Statsを押します。
3. Statistical plotsの最初のPrecheck / Box plotで、Missing、Zero var、Extremeとサンプル数を確認します。
4. Useで解析する化合物を選びます。Check all / Clear allで一括変更できます。
5. PCA / OPLS-DA / Volcano / Dendrogramのタブを選ぶと解析が始まります。別のRunボタンを押す必要はありません。

Statsの図とReportへの保存

グループ差の図示と、統計的な結論は分けて判断します。

1. 図の対象、前処理、ND、選択グループを確認します。必要に応じFit / Labelsを調整します。
2. Copy dataで結果をコピー、またはApply to ReportでReportへ反映します。
3. Report側に結果が入ったことを確認し、Saveでワークブックを保存します。

OPLS-DAではVIP、Q²、置換検定の結果を表示する機能ではありません。群分離の見た目だけで汎化性能を判断しないでください。変数数がサンプル数を大きく上回る場合は特に注意します。

Project・Excel・Cacheの保存と復元

再解析用プロジェクト、結果Excel、画面配置は別々に管理します。

Excel Importの前に確認する

• 対応する測定データを先に読み込み、Sample名の完全一致とCompound ID・トランジションの対応を確認します。
• Import中は解析操作が制限されます。完了後、範囲・条件・Area・Summaryを確認してください。
• 面積方式の変換などの警告が表示された場合は、読込後のArea valueと積分範囲を確認します。分析条件を再設定したら、再計算結果を確認して別名で保存してください。

Cache

対応するLCD読込では、キャッシュで再読込を短縮できます。容量0で無効。元データや抽出条件の変更、TIC・Pump pressure設定等に応じて元から読み直します。容量上限で古いキャッシュは整理されるため、成果物の保管先として使わないでください。

Assistantと説明書の検索

Assistantは機能の説明を表示する案内役です。解析内容を自律的に変更するAIチャットではありません。

1. Help > Setting > MainでEnable AssistantとHTML manualを確認します。
2. Help > Assistantを選びます。メニューや操作部へポインターを合わせると機能説明が表示されます。
3. Manualを押し、キーワードを入力してSearchまたはEnterで検索します。Open full manualで全体を開けます。Memoryでメモリ使用量も確認できます。
4. Assistantの枠を閉じると案内を終了します。解析データを消す操作ではありません。

説明書をAssistantへ設定する

Help > Setting > MainのHTML manualで、Multi-ChromatoAnalysT_manual_ver2_1_0_0.htmlを選択してOKを押します。設定したファイルが実際に存在することと、Open full manualで本書が開くことを確認してください。

困ったときの確認順序

まず対象・モード・条件を確認し、エラー文と最小の再現手順を残します。

用語・文書管理

UI上の英語表記と、本書での意味をまとめます。

文書管理

文書名：Multi-ChromatoAnalysT 操作説明書
対象：MCAT Version 2.1.0.0
発行日：2026-09-07
構成：操作一覧、目的別の操作手順、確認事項、用語。本文は日本語、UI名称は英語で表記。
利用方法：PDFのページ番号・しおり、HTMLの目次・検索から目的の操作を参照。